Das Gebiet welches heute die Gemeinde Pfäfers umfasst, kann auf eine sehr lange Siedlungszeit zurückblicken.

Im Drachenloch (2445 m ü.M.) ob Vättis wurden Steinwerkzeuge von Höhlenbewohnern sowie Bärenknochen gefunden, welche rund 50'000 Jahre alt sein dürften. Diese Hinterlassenschaften der ersten Siedler sind im Ortsmuseum Vättis ausgestellt.

Schon die Römer kannten das Taminatal als Transitgebiet. Der Beweis dafür liefert ein in der Nähe von Vättis gefundener Schatz römischer Münzen aus dem 3. Jahrhundert. Die damaligen Siedler (Räter) vermischten sich mit den Römern. Dies bezeugen die Orts- und Flurnamen im ganzen Tamina- und Calfeisental.

Über die frühmittelalterlichen Verhältnisse von Pfäfers ist wenig bekannt.

Bedeutung erlangte Pfäfers durch die Gründung des Benediktinerklosters, in der ersten Hälfte des 8. Jahrhunderts. Die Geschichte von Pfäfers ist ab diesem Zeitpunkt eng mit jener des Klosters verbunden. Das Kloster bestand während über 1000 Jahren und wurde im Jahre 1838 säkularisiert (endgültig aufgehoben). Das Kloster musste öfters um seine Macht kämpfen, zunächst mit den Schirmvögten, danach mit den Eidgenossen, die das Territorium beanspruchten. Seit 1847 werden die Klosterbauten als psychiatrische Klinik genutzt.

Erste Erwähnungen der Ortschaften
762 wird das Kloster und der Ort Pfäfers (Favarias) in der Synode von Attigny erwähnt. Die Ortschaften Valens (Valendis), Vättis (Vetenis), Bläs (Plagis), St. Margrethenberg (Sapauns) sind in einem nicht urkundlichen Eintrag des Liber Viventium, welches auf 1160 datiert wird, erwähnt. 1385 wird Vasön (Fusun) in einer Urkunde erwähnt.

Das St.-Margreten-Lied, eine Alpsage aus dem Taminatal aus vorchristlicher Zeit, überlebte bis in die heutige Zeit. Das Lied wurde noch im 20. Jahrhundert in den Bündner Stuben beim Spinnen nach einer uralten Melodie gesungen. Die heilige Margreta in diesem Lied war keine Heilige im christlichen Sinn, sondern eine vorchristliche, heidnische Gottheit der Alpenfruchtbarkeit, gemäss dem Verständnis der damaligen Zeit, die Segen oder Verderben austeilen konnte. Es zeigt wie stark die Räter in ihrem Glauben verwurzelt waren. Das Lied ist in rätoromanischer Sprache abgefasst. Die Einwohner im Taminatal sprachen noch bis ins 17. Jahrhundert rätoromanisch. Der Glaube an die Heilige Margaretha lebt bis heute in der Kapelle auf dem St. Margrethenberg weiter.

Zwischen dem 13. Jahrhundert und 16. Jahrhundert siedelten die freien Walser im Calfeisental in St. Martin. Die freien Walser verwalteten ihr Gebiet selbst, ohne dass sich ein fremder Herr in ihre Gemeindeangelegenheiten einmischte. Warum mussten die Walser die Siedlung aufgeben? Sicherlich ein Grund war der grosse Holzbedarf und die damit verbundenen Rodungen und Lawinenabgänge. Zudem veränderte sich das Klima im ganzen Alpenraum. Der Sardonagletscher wuchs und es wurde immer kälter. 1624 war ein Lawinenwinter. Viele Häuser und Ställe im Calfeisental wurden weggerissen. 18 Personen fanden in den Lawinen ihren Tod. 1653 verliessen die letzten Siedler St. Martin. Seither wird das Land nur noch für Sommeralpweiden genutzt. Die Alpen wurden den Gemeinden Malans und Gams verkauft. Noch heute kann man die Siedlung St. Martin und das Walserhaus auf der Alp Ebni besichtigen.

Um das Jahr 1240 wurde die Thermalquelle in der Taminaschlucht entdeckt. Die Kranken, welche im heilkräftigen Wasser badeten, wurden an Seilen in die enge Schlucht hinuntergelassen. Im Jahr 1630 wurde ein Badehaus am Ausgang der Schlucht erstellt, das im 18. Jahrhundert ausgebaut wurde. 1840 wurde die Strasse nach Ragaz erstellt und in der Folge verlagerte sich der Kurbetrieb immer mehr dorthin. Heute sind im Alten Bad Pfäfers, dem ältesten barocken Bäderbau der Schweiz, ein Restaurant und ein Museum untergebracht.

Im Jahre 1483 verkaufte Graf Georg die Grafschaft Sargans als gemeine Herrschaft an die Sieben Alten Orte. 1798 brach die alte Eidgenossenschaft unter dem Angriff französischer Truppen unter Napoleon Bonaparte zusammen. Am 2. Juli 1803 wurden die Ortsgemeinden Pfäfers, Vättis, Valens und Vasön im neu gegründeten Kanton St. Gallen zur politischen Gemeinde Pfäfers zusammengefasst.

Im 19. Jahrhundert profitierte auch Vättis vom aufkommenden Tourismus. Die neu erbauten Kurhotels bescherten dem Bergbauerndorf einen kleinen Aufschwung. Auf Postkarten wurde geworben mit "Luft- und Molkenkurort Vättis".

1859 wurde die Eisenbahn Zürich-Chur eröffnet. Von Bad Ragaz nach Pfäfers war von 1892 bis 1964 in den Sommermonaten eine Standseilbahn, die sogenannte "Wartensteinbahn", in Betrieb. Das Trasse ist weitgehend intakt geblieben, insbesondere die beiden Viadukte und der Tunnel. Die Talstation in Bad Ragaz ist heute ein Wohnhaus. Es gibt Bestrebungen, die Standseilbahn wieder in Stand zu setzen.

Zwei wichtige Marksteine des 20. Jahrhunderts in wirtschaftlicher Hinsicht waren die Eröffnung der Klinik Valens im Jahre 1970 sowie der Kraftwerke Sarganserland im Jahre 1975. Die Klinik Valens ist spezialisiert auf Rheumatologie, Neurologie und Orthopädie. Die Kraftwerke Sarganserland AG betreiben ein Pumpspeicherkraftwerk, zu dem der Stausee Gigerwald und das Ausgleichsbecken samt Zentrale in Mapragg gehören. Beide Betriebe sind wichtige Arbeitgeber für die Bevölkerung der Gemeinde.

Seit dem Jahr 2017 verbindet der "Taminabogen" die beiden Talseiten und bringt so die Dörfer Pfäfers und Valens näher zusammen. Die grösste Bogenbrücke der Schweiz überspannt mit 260 Metern Tragweite die Taminaschlucht. Der Bau der Brücke wurde massgeblich durch den Kanton St. Gallen ermöglicht.